Они по-разному действуют на увеличение дофамина в мозгу. Кокаин воздействует путем блокирования переносчиков дофамина, то есть, он не позволяет дофамину возвращаться в нейрон, выпустивший его, после того, как тот выполнил свою функцию. Метамфетамин также воздействует на этот процесс , но другим путем. Он провоцирует чрезмерную выработку дофамина таким образом, что  тот не успевает перерабатываться.

Еще одно отличие заключается в том, что кокаин довольно быстро выводится из мозга, в то время как метамфетамин действует на протяжении более длительного времени. Длительное присутствие метамфетамина в мозгу делает его более вредоносным для клеток мозга.