Хроническое употребление метамфетамина существенно изменяет все функции головного мозга. Неинвазивные исследования человеческого мозга показали изменения в деятельности системы дофамина, которые связаны с медленной моторикой и нарушением словесного обучения. Недавние исследования среди людей, хронически употребляющих метамфетамин, также выявили серьезные структурные и функциональные изменения в областях мозга, связанных с эмоциями и памятью, которые могут объяснить многие из эмоциональных и когнитивных проблем, что наблюдаются при хроническом злоупотреблении метамфетамином.

Длительное злоупотребление метамфетамином также может привести к зависимости – хроническому, рецидивирующему заболеванию, характеризирующимся компульсивным поиском и употреблением наркотиков, что сопровождается молекулярными изменениями в мозгу. Некоторые из этих изменений сохраняются долгое время после окончания употребления метамфетамина. Однако, восстановительные изменения могут наблюдаться после длительных периодов полного воздержания от употребления наркотика. (Например, около 1 года)