Когда мескалиновый трип заканчивается, в мозгу наблюдается падение активности серотонина. Это может привести к состоянию, называемому дисфорией. Для этого состояния характерно общее ощущение беспокойства, тревоги и депрессии.

При долгосрочном, регулярном употреблении галлюциногенов, в том числе и мескалина, у человека будет развиваться терпимость к препаратам. Это означает, что человеку необходимо повышать дозу принимаемого наркотика, чтобы добиться ожидаемых эффектов. При чем эта терпимость распространяется на все галлюциногены. То есть, человек, употребляющий LSD, будет иметь терпимость к мескалину. Однако, уровень терпимости вернется к норме в случае прекращения употребления галлюциногенов.